L’INSPÉ, ses enseignants-chercheurs ou ses formateurs-chercheurs s’impliquent à divers niveaux dans plusieurs structures de recherches, ce qui conduit dans l’objectif de promouvoir la recherche en éducation et formation dans différents champs.
Ainsi l’INSPÉ pilote le GIS Éducation et Formation, Groupement d'Intérêt Scientifique établi sur le territoire de la région Grand Est par quatre universités : l'université Reims Champagne-Ardenne, l'université de Haute Alsace, l'Université de Strasbourg et l'université de Lorraine. Il vise à rendre visible, dynamiser et structure la recherche en éducation et formation sur le territoire.
L’INSPÉ est également partie prenante du Réseau des Chercheurs en Autisme de l’Université de Strasbourg, le réseau Stras&nd, plusieurs enseignants-chercheurs de l’INSPÉ réalisant des recherches sur l’inclusion scolaire pour les jeunes avec autisme et sur l’accompagnement des familles.
L’INSPÉ héberge le LISEC, Laboratoire Interuniversitaire en Sciences de l’Éducation et de la Communication où une part importante des formateurs-chercheurs sont affiliés. D’autres laboratoires accueillent également les formateurs-chercheurs.