L’INSPÉ est administré par un conseil d’institut et dirigée par un directeur.
Par arrêté du ministre de l'Éducation nationale et de la Jeunesse et de la ministre de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Innovation en date du 30 août 2023 (publication au Bulletin officiel), François Gauer est nommé en qualité de directeur de l'Institut National Supérieur du Professorat et de l'Éducation de l'académie de Strasbourg.
Le Conseil d'Orientation Scientifique et Pédagogique (COSP) contribue à la réflexion sur les grandes orientations relatives à la politique partenariale et aux activités de formation et de recherche de l'institut.