L’INSPÉ est administré par un conseil d’institut et dirigée par un directeur.
Par arrêté du ministre de l'Éducation nationale et de la Jeunesse et de la ministre de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Innovation en date du 10 avril 2020 (publication au Bulletin officiel du 16 avril 2020), Philippe Clermont est nommé en qualité de directeur de l'Institut National Supérieur du Professorat et de l'Éducation de l'académie de Strasbourg.
L'équipe de direction a été réélue lors du dernier Conseil d'institut le 8 juin 2020.
Le Conseil d'Orientation Scientifique et Pédagogique (COSP) contribue à la réflexion sur les grandes orientations relatives à la politique partenariale et aux activités de formation et de recherche de l'institut.